2012年10月10日，浙江在线发表了《宝宝拉肚子是"合生元"奶粉惹的祸?双方各执一词》。文章显示，上虞市丰惠镇的陈先生近日从“合生元”奶粉经销商处退回了228元奶粉钱，同时获得3罐价值684元的“合生元”婴儿奶粉及1份“宝宝礼物”。
“能够维权成功，多亏了工商部门介入。”昨天下午，陈先生接受记者采访时说。消费者陈先生一口咬定，宝宝拉肚子系吃了有质量问题的“合生元”奶粉所致，而且提出罐内壁有结块就是真相。而厂方则认为，奶粉质量没有问题，罐内壁有结块可能是消费者开罐后进水受潮所致。并分析宝宝拉肚子的原因，或是刚开始吃奶粉不适应，或是这个季节宝宝拉肚子的较多等。
2012年10月9日，中国日报网报道了《陷“乳矿物盐”丑闻曝合生元儿童乳钙咀嚼片含违禁物》。报道显示，2012年9月，“乳矿物盐”成为了中国乳业的关键词，并引发了多米诺骨牌效应。继光明和蒙牛前后卷入“乳矿物盐”的风波后，日前，合生元也被爆出含违禁物“乳矿物盐”的丑闻。
记者发现合生元旗下一款名为合生元儿童微囊乳钙咀嚼片的产品，在其宣传语中这样写道：“合生元儿童微囊乳钙咀嚼片(水果味)，有多种水果味和奶味，特别的双层片设计，丰盈口感、多重风味，让宝宝爱上吃钙片!”其产品配料为：微囊乳钙粉(乳矿物盐、磷脂)，乳粉，蓝莓粉，草莓粉，甜橙粉，苹果粉，樱桃粉，胡萝卜粉，菠菜粉，食物添加剂(木糖醇、硬脂酸镁、苹果酸、柠檬酸)。
而且在产品的说明书中明确注明适宜人群为：有咀嚼能力的3岁以上儿童方可食用本品。但蹊跷的是，合生元儿童微囊乳钙咀嚼片包装上的生产许可证号，在中国QS认证网上显示的对应产品名称为糖果制品，但其产品包装上未标明任何糖果字样，按照国家的相关规定，普通食品是不能宣传具有医疗保健功效的。
显然合生元的这种做法已经涉嫌虚假宣传，误导消费者了。有业内人士表示，不仅如此，如果误信其宣传的话，会使孩子丧失补钙的最佳时机。
2012年9月28日，亲贝网报道了《8月大宝宝发烧腹泻疑与合生元奶粉结虫有关》。报道显示，2012年9月23日，外公在给一岁八个月的外孙女冲泡合生元金装3段奶粉时无意间发现奶粉中有类似网的丝线。看到这一场景着实令人吃惊，一家人对孩子的奶粉进行了详细的检查，用筛子筛过以后发现奶粉内发现有黑色的小颗粒奶粉结块小虫，该奶粉购于2012年8月10日小飞象店。
门店负责人一再托辞并提出要我们自己和商家联系，联系厂家后，对方称属于正常现象。并表示他们的产品不会有任何问题，要求对奶粉进行质量鉴定负责咸阳这边合生元白某则让我们自己去质检。而小飞象门店的该负责人表示他们只是销售其他的就看厂家的。
2012年9月26日，中国网报道了《进口合生元奶粉惊现整只苍蝇超市称开罐不验》。报道显示，这玩意黑乎乎的，还带着翅膀，不看则已，一看，赵先生一家人恶心得直想吐，这不是苍蝇是啥?给孙女吃的奶粉里面，怎么会出现这种东西?赵先生给孙女吃的奶粉，是法国进口的，名叫合生元呵护婴儿配方奶粉。
