3.消毒及防止交叉感染问题不易解决：虽然孕妇产前进行了一些常见传染病项目的检测，备有体检档案。但是，目前一些常见性传播疾病项目如人类乳头瘤病毒，淋病，单纯疱疹病毒等是不给孕妇检查的，而且，艾滋病在中国流行呈上升趋势，存在潜伏期，因此，一旦消毒把关不严或有疏漏，就难免发生交叉传染。水中分娩时，上述危险往往不能避免。
另外，“水中分娩”只是可能减轻产妇分娩阵痛的方式之一，所谓该方式的优点如分娩时间短、产妇身材恢复快、婴儿更聪明、产妇疼痛少、伤口小等等，目前未见科研资料证实。
但也有风险：
如果操作不规范，就有可能出现意外。国内有家医院在进行水中分娩时竟然出现新生儿尚在水下，助产士就进行断脐这种低级错误!说明规范操作是非常重要的!其他如在胎儿娩出的时候，如新生儿身体的一部分先露出水面，冷空气(一般比体温低10度左右)就会刺激新生儿产生自主呼吸，胸腔的呼吸系统就开始工作，如果这个时候婴儿还在水中，可能将会带来严重后果，新西兰的妇产科专家就发现有新生儿在水中分娩时几乎被溺毙，出现中重度的呼吸问题，虽然经过抢救，没有造成永久性伤害，但仍然要引起重视。一般来说婴儿出生后在水中的停留时间不要超过一分钟。另外，从产妇身体里流出的血液和分泌物可能导致细菌感染，这就要求分娩缸能在分娩的过程中进行水的置换，以达到排放、稀释的目的，减少感染的机会。
