新政争议：
新政或使国内奶企业投资海外
此次办法仅仅约束国内生产企业，对国外生产企业销售到中国的产品没有限制。很多内业人士担心，注册制若规则不一样，将会逼着国内的奶企业到国外去收购或参股小厂。这样的后果是必然影响到我国的奶农，打击我国的养殖业。
据了解，现在国内有不少企业在海外有生产基地，还有一些通过跨境电商进入中国市场销售的产品，一位业内专家指出，去年，新西兰出口到中国的有200多个品牌，但是真正新西兰本土品牌的寥寥无几，这些品牌基本上都是来自几家新西兰企业代加工，然后专销中国市场。
专家建议，配方注册制应当规定，凡是中国境内生产及流通的奶粉品牌及配方都必须经过配方注册许可，这样可以将纯进口奶粉纳入其中，有效提升政策实施效果。
其他亮点
或将限定企业申请配方数量
征求意见稿对企业申请配方奶粉的数量提供了两种设想方案：一种方案是同一企业申请注册的同年龄段产品配方之间应当具有明显差异，食品安全国家标准规定的可选择性成分应当相差6种以上，并有科学依据证实；
另一种方案是直接限定企业申请配方数量：同一企业申请注册的同年龄段产品配方之间应当具有明显差异，并有科学依据证实，每个企业不得申请注册超过5个系列15种产品配方。
同时规定，同一企业注册的一个产品配方只能生产一种产品，不得用同一配方生产不同品牌的婴幼儿配方奶粉，不得限定区域销售，不得为销售商专门定制生产。
