在精液常规检查出现异常时，医师有时会让患者做精液细菌学检查。在男性生殖系统发生感染时，可引起精液质量的改变，如精液量、精液pH值、液化时间及精子存活率等都会发生改变。感染病原微生物多达30多种，如葡萄球菌、大肠杆菌、肠球菌、支原体和衣原体等。精液感染可能是导致男性不育症的一个重要原因。因此，在精液检查出现异常时，有必要进行精液细菌学检查，以帮助诊断及治疗。在需要进行细菌学检查时，要将精液标本采集在无菌杯中。
在有条件的医院，医师还会让患者进行精液生化学检查。精液的生化检查是一种判断附性腺分泌功能的简便方法。包括果糖、锌、酸性磷酸酶及肉毒碱等。果糖主要来源于精囊腺分泌，提供精子活动所需能量，无果糖或含量降低见于先天性精囊缺如及精囊炎等，果糖不足时不易受孕。前列腺内含有高浓度的锌、酸性磷酸酶，附睾内有高浓度的肉毒碱存在，他们均和精子功能有关；在前列腺、附睾发生炎症时，他们的含量都会降低，从而影响生育。
