染色体问题
如果染色体异常的话也会导致胚胎不发育而致早期流产。染色体异常包括数量和结构异常，数量上的异常可分为非整倍体和多倍体，
最常见的异常核型为三倍体，而16三体又占1/3，常有致死性。
胎儿停止发育的症状
21三体中有25~67%，13三体中有4一50%，18三体中有6~33%必然流产。
其他有单倍体(4SX)，四倍体因卵裂异常致胚胎不发育。
结构异常有缺失，平衡易位、倒置、重叠等闭。平衡易位是最常见的染色体异常。关于染色体问题当前的研究认为染色体间配对、互换和分离形成配子，配子结合形成合子。如果其中的合子有异常的，则导致不能正常发育，可导致流产、死胎、死产、畸形儿，故而，需做产前诊断，以防止染色体患儿出生。
对于染色体异常携带导致的流产、胎停育等当前西医尚无有效治疗方法，仅能进行产前遗传学咨询和诊断。对于染色体异常，从理论上讲均有分娩正常核型及携带者婴儿的机会，对这些夫妇做产前诊断，确保生育正常的婴儿。
当然，当前研究亦表明，夫妇双方染色体都正常，但配子形成和胚胎发育过程中出现了染色体异常。如女性年龄大于35岁，卵子老化，易发生染色体不分离，导致染色体异常；精液异常，如大头畸形的精子多数为二倍体，受精后形成多倍体胚胎导致流产。
不良环境的影响如有毒化学物质、放射线、高温等也可引起胚胎染色体异常。所以，预防因为染色体异常导致胎停育的关键是调理夫妻双方身体，使之各脏腑功能正常协调，阴阳平衡，择优而孕，并远离不良环境。
生殖道感染
除以上各种因素外，感染所致孕早期流产愈来愈受到国内外学者的重视。妊娠早期严重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流产，较轻感染亦可引起胚胎畸形。研究表明巨细胞病毒可引起过期流产、胎死宫内等。
母体发生感染后病原体可通过血行使胎盘感染，引起绒毛膜和毛细血管内皮受损，破坏胎盘屏障，病原体进入胎儿导致流产、胚胎停止发育及胎儿畸形图。许多研究表明支原体感染与胚胎停止发育有关，胚胎停止发育妇女宫颈分泌物支原体感染阳性率明显高于正常妇女，并有极显著差异。
