男性不育是一种多发、难治性疾病。总体上看，目前临床治愈率不高，治疗难度较大。主要难点如下：
(1)由于男性不育症的病因十分复杂，部分病因还未完全弄清楚，针对目前的具体病因治疗，其效果各异，总的看来效果不甚满意。对精子少、活动能力低下、精子畸形与精液量少者，用中医药治疗，部分患者可治愈而达到生育，而部分患者的精液只得到改善，仍不能生育。对此类患者，不能急于求成，应在辨证施治的基础上，守法守方，假以时日，并定期复查精液质量。因为精子的生成周期较长，达90天以上，即使治疗有效，亦须数月方显其功。
(2)精索静脉曲张所致不育者，部分患者经治疗后可达到生育能力，但曲张程度达Ⅱ以上，且病程较长，睾丸已发生较严重损害者，单纯的中医治疗难达生育目的。对此类患者，可在手术的基础上继续进行辨证施治，中西医结合，效果较好。
(3)特发性男性不育症是最富挑战性的难题之一，中医治疗有苗头，但未能被证实在临床上应用有确切的疗效。对特发性少精症，可在辨证的基础上，试用益肾、填精、活血、清热解毒之法，有时可取得满意疗效。
(4)对生殖系有解脲支原体感染所致不育，因中西医均乏有效疗法，被认为是治疗的难点之一。虽然大多数患者没有临床症状，但它属湿热之邪内扰精室，破坏精液内环境，影响精子的生成、成熟及存活，导致精子密度下降，精子活动率、活动力降低及畸形率上升等异常改变。针对该病的病因病机，可先用清热、利湿、解毒之法，药如百部、白花蛇舌草、虎杖、益母草等，有杀灭解脲支原体的作用。几年来的I临床验证，证实其在治疗精液解脲支原体感染的同时改善了精液质量。
(5)免疫性不育亦是治疗的难点之一。目前的治疗效果都还不很理想，大剂量激素冲击疗法疗效有限，而且毒副作用大。中药治疗本症表现出可喜的苗头。对此类患者，可在辨证的前提下，参用健脾固表法，方用玉屏风散加味(黄芪、白术、防风、生石膏、黄柏等)，改善患者的过敏体质。经过一段时间的治疗，可使抗精子抗体转阴。
(6)无精子症属男性不育症中的疑难重症，短期内难以获愈。其中，先天性输精管缺如，睾丸生精功能障碍等为不可逆的无精子症，治疗几乎无望。如是阻塞性无精子症，有些可治，有些则难治，但近年随着男性外科特别是显微外科的发展，又增加了治疗手段。另外，中医可拟以清热利湿，化瘀补肾的方法治疗。
(7)先天性睾丸发育不全综合征，系由染色体异常引起，以睾丸曲细小管发育不良以及间质细胞功能减退为主的综合征，目前尚未见到此病治疗成功的报道。可以用五子衍宗丸、六味地黄丸进行试验性治疗。
（8)前列腺炎导致男性不育的治疗，临症用药时，应根据炎性不育的轻重缓急选用先清后补之法或攻补兼施之法，对炎症重者先用清热利湿药1个月左右，然后配合活血通精或补肾生精的药物；对炎症较轻的虚实夹杂证则可兼用清热利湿、活血通络、补肾生精之药，二者何轻何重当视其证情而定。治疗中也发现，不少患者经用清热利湿药物治愈炎症，未用补肾生精药物精液即恢复正常，且使其妻孕育。炎性不育的肾虚以气阴两虚较为多见，肾阳虚型极少见，因而对炎性不育应慎用温肾壮阳药，以防其燥烈伤精。另外，应注意调畅情志，配合治疗以助康复。
(9)精液不液化和前列腺有关，特别是前列腺炎有关，故治疗当以清热、利湿、通络、养阴为法。药用黄柏、虎杖、萆解、薏苡仁和茯苓等，在用药同时，还需针对精液不液化病症加入溶酶之物，如麦芽、山楂等，尤其是助脾胃化生之品，可以调节全身酶的活性，有利于精液液化的物质补充及功能的恢复。
(10)男性不育与性功能障碍的治疗，是在明确辨证的原则下，制定相应的治疗法则后选方用药。治疗着重整体调治，以内治为主，适当配以针灸和外治等方法，以祛除病邪，调整和恢复全身和局部的功能。
