临床医学将经期性交视为大忌，并列为不孕的原因之一。
医学研究证实，月经期的生殖器官比平时容易发炎，因为在月经期骨盆腔充血、子宫内膜脱落时，在子宫腔表面上要造成一些伤口；子宫口平时是紧闭的，这时要稍稍张开些，病菌容易通过；阴道里的酸度被经血冲淡，酸度降低后，起不到制止病菌生长繁殖的作用；阴道里的经血又是病菌生长繁殖的好养料，这些情况都会给病菌侵入生殖器官造成机会。另外，月经期阴部充血，容易擦伤引起发炎。因此，月经期性交就容易造成生殖道感染而不育。
月经期性交，由于男性生殖器的进入，以及性高潮时的子宫收缩和肛门括约肌收缩，可使月经血流受阻碍，破碎的子宫内膜经血倒流入腹腔或输卵管，在输卵管种植，就能造成输卵管的子宫内膜异位症，阻塞输卵管而不孕。子宫内膜异位症还会合并卵巢功能异常，使卵巢增大呈囊性，称为卵巢子宫内膜囊肿。因为粘连而不活动，囊内为黑红色黏稠液体，其颜色与巧克力相似，所以又称“卵巢巧克力囊肿”。这也是引起不孕的重要原因。
月经期性交，精子易与子宫内膜破损处溢出的血细胞相遇，往往使其中的免疫细胞被致敏，从而产生了抗精子的抗体，一旦再次接触精子，则会激起强烈的免疫排斥反应，将精子杀死或阻止其活动。动物实验也观察到，在家兔的正常性交中，并不产生抗精子抗体，但如果预先在生殖器内造成人工创伤，则性交后可产生抗精子抗体。而人体中一旦激起抗精子的免疫抗体，常可维持几年甚至几十年时间，造成较顽固的不孕。
由此可见，夫妇要注意避免月经期性交，以保护母体的生育能力和健康。
