子宫输卵管通水检查的方法虽然应用广泛，但其误诊率较高。由于整个通水检查的过程都需要医生依靠主观感觉进行手动操作，所以，此方法造成假性诊断的几率较高。此外，被检查者在做检查时的紧张情绪也会影响输卵管通水检查的结果。
可破坏输卵管的功能 很多慢性妇科炎症都可导致输卵管黏膜发生粘连，进行输卵管通水检查虽然对由输卵管黏膜粘连所引起的输卵管阻塞有一定的治疗作用，但对于输卵管黏膜粘连较严重的被检查者来说，反复进行输卵管通水检查可导致许多不良的后果。在进行输卵管通水检查时，所用的注射液会将粘连部位的病菌带入盆腔，引起炎症扩散，以致出现更严重的后果。反复进行输卵管通水检查可破坏输卵管自身的蠕动功能和输卵管管壁纤毛的摆动功能，从而影响受精卵的着床，降低被检查者受孕的几率。反复进行输卵管通水检查还可能成为被检查者患输卵管积水的诱因，而输卵管积水会降低受孕的几率。
子宫输卵管造影检查效果更好 子宫输卵管造影检查是一种检查输卵管阻塞的方法，其准确率较高。进行子宫输卵管造影检查的具体方法是，通过导管向宫颈及输卵管注入碘造影剂，然后在X线下观察输卵管腔道内的显影情况，从而了解输卵管是否通畅。此种检查损伤小、安全性高，能对输卵管阻塞的程度作出较正确的诊断，且具有一定的治疗作用。
若女性朋友在进行输卵管通水检查后，输卵管仍然不畅通，不可反复进行“通水”，而应该先做一个碘造影检查以确定输卵管阻塞的具体位置及程度时，再进行准确治疗。
