正常情况下，月经通过阴道排出体外。
但由于某些原因，子宫内的部分经血，通过输卵管倒流入盆腔，这时混在经血中的子宫内膜碎片就可能种植在盆腔器官和腹膜表面，继续生长。并在卵巢内分泌的刺激下和子宫里面的内膜一样发生周期性的变化，但其所产生的经血却无法找到1条通向体外的出路，于是就在局部形成一个个由子宫内膜组织构成的结节。子宫内膜本是体内的正常组织，但由于其生长在不应生长的部位，从而形成了人体中独一无二的奇怪疾病——子宫内膜异位症。这种内膜异位病灶，可以分布在盆腔的任何地方。但一般好发于容易存积经血的最低凹的子宫直肠窝里和卵巢表面。发生在卵巢上的内膜异位症，往往可以形成较大的体积，其表现与一般卵巢囊肿颇为相似，但其内容物则为积年累月聚积的经血，看起来有如巧克力酱一样，这就是人们所熟知的巧克力囊肿。
子宫内膜异位症最主要的症状就是痛经，特别是从月经前几天或前半个月开始，持续整个行经期，至经后数日才逐渐消失。
疼痛部位多在下腹正中，病变侵犯子宫直肠窝时，可以放射到直肠及会阴部。随着时间的推移，痛经往往进行性加重。发作时，卧床不起，辗转不宁，全身大汗，伴发恶心、呕吐，甚至虚脱。但是没有痛经的，不一定没有内膜异位症；而凡有痛经的，特别是严重痛经者，都是由子宫内膜异位症所致。
子宫内膜异位症可以使患者的受孕能力遭到不同程度的损害。
早期轻度子宫内膜异位症，由于免疫和内分泌的原因以及体内前列腺素升高的结果，一样可以妨碍受孕。根据临床分析，约有半数子宫内膜异位症的患者，伴有不孕；而大约有1/3的不孕症是全由异位症引起的。因此，子宫内膜异位症已成为当前最重要的女性不孕原因之一。如患者在发病时未婚或已婚尚无子女，则会对日后的生育问题造成威胁，甚至超过疾病本身所引起的痛苦。手术切除子宫可使80%以上的患者获得痊愈，如同时切除卵巢则100%可以获得根治。但这种办法将使患者永远丧失生育功能，则不适用于年轻渴望子女的患者。为了保存和改善这些患者的生育能力，目前常用的疗法有药物和手术两种。药物主要包括孕激素、丹那唑和棉酚3类，其作用在于控制子宫内膜的增殖与脱落，用药后无月经来潮，使异位的内膜病变消退，但只适用病情较轻、病灶不超过2厘米直径的患者。对于那些严重的或已形成大型巧克力囊肿的患者，最有效的办法是保守性的手术治疗。以最精细、柔软的手术操作，尽可能地切除一切病变，分离所有的粘连；并可将子宫、附件完好地保留下来，术后可为患者提供最大的生育机会。这类手术或药物治疗都很难达到根治的效果。
