卵巢囊肿引起不孕的机制与干扰排卵功能有关。如果囊肿较小不影响卵巢排卵就不会影响怀孕;如果囊肿占据了整个卵巢，且分泌一些激素影响了排卵，对怀孕就会有影响。
卵巢囊肿的具体症状和大小形态，每个患者都不一样。卵巢囊肿可能会影响到部分女性的怀孕过程。
如果囊肿尤其是月经干净后复查在五厘米以上，建议患者先明确囊肿是良性还是恶性，尽量是在怀孕前把囊肿去除。如果在怀孕前没有辨别清楚卵巢囊肿的性质将会严重影响到妊娠的继续，假如是恶性囊肿的情况下则是对将来的健康是不利的。即使良性的囊肿，体积比较大，怀孕期间可能会发生破裂等，造成妊娠期急腹症的问题。患者还是在怀孕前把卵巢囊肿的性质、大小、需不需要手术检查清楚。
如果是良性的囊肿且较小，一般是不会对胎儿有影响的可以继续妊娠，待产后再观察。因为有一种妊娠后的囊肿是功能性的，伴随着受孕而产生，随着分娩而消失。所以要产后再观察，如不消退且有增大的倾向，则可考虑手术摘除。但在妊娠期间，有些囊肿可能会破裂，扭转，会有较剧烈的腹疼，此时应及时就医诊治。
如果囊肿很小，对排卵功能没有影响，那么就不会影响怀孕。有一部分比如说囊肿很大占据了整个卵巢的位置，卵巢皮质很薄，而且一部分肿瘤可以分泌一些激素，影响卵巢的排卵功能和发育，影响怀孕，即使已怀孕也可能对妊娠造成不良影响。
巧克力囊肿对生育有一定程度的影响，这主要根据病情，如果能够实施手术剔除卵巢囊肿保留正常的卵巢，那么生育的机会还是较大。
卵巢囊肿的患者们需要先进行治疗，如果卵巢的基本功能不好则往往会使得以后的排卵影响生育的。要根据情况治疗，养护好卵巢才能备孕或试管助孕。
