子宫内膜异位症对卵巢功能也有影响，一方面可以影响卵泡的发育，不排卵，同时巧克力囊肿又会导致卵巢功能的损伤，导致卵巢储备功能的下降。
子宫内膜异位囊肿会分泌大量的炎症因子，导致周边的小卵泡迅速发育，并走向凋亡，从而使患侧的卵巢功能急剧下降。另外，子宫内膜异位症还可导致子宫内膜接受性下降，所以从这些角度来说，子宫内膜异位症引起的不孕是需要早点咨询医生检查的。
子宫内膜异位症治疗原则包括：①减灭和消除病灶②减轻和消除疼痛③改善和促进生育④预防和减少复发。
谈及手术联合药物治疗，术前用药可以缩减病灶，降低局部炎症及血管生成，减少手术创伤，有可能及时根除病灶，降低术后粘连;术后用药可对无法手术切除的残余病灶或微小病灶进行治疗。
内异症患者输卵管灌注压力明显高于非内异症不孕人群，而管腔压力者妊娠率则明显降低，当对管腔高压力的患者应用抗内异症药物治疗时，其妊娠率可得到明显改善。
事实上，增生晚期近端输卵管管腔内可能存在黏液、内膜碎片等非结晶性物质，特别是在高雌激素水平状态下，这些非结晶物质可能会造成近端输卵管一过性痉挛或阻塞。
在输卵管造影检查(HSG)中表现为输卵管近端的阻塞，排卵后，雌激素水平相对降低而孕激素水平随之升高，管腔痉挛消失，非结晶性物质排出，输卵管随之恢复通畅状态。
备孕困难内异症不孕，也是可以考虑选择试管助孕的。
