正常情况下，子宫内膜位于宫腔，每个月随着女性激素变化，周期性的增生、剥脱出血，血液通过阴道流出，形成月经。若是到了卵巢内也和正常子宫内膜一样周期性增生、剥脱出血，但因为这些血没法及时排出，血液中的水分被吸收，久而久之，形成类似巧克力样糊状陈旧性血性液体，颜色呈褐色，黏稠如糊状，因此又形象地称为“卵巢巧克力囊肿”。一般情况下，它们会越来越大，有时会在经期或经后发生破裂，但恶变率比较低。
一部分子宫内膜和出血顺着通畅的输卵管流到了盆腔，这些内膜生命力非常顽强，可以种植在腹膜上或者卵巢上，同样受着周期性的雌激素和孕激素的联合作用，也会增厚分泌形成肥沃的小片土壤，也会土崩瓦解脱落，从而形成小规模的“姨妈”，种植在卵巢上的异位子宫内膜，通过一次又一次的“姨妈”的积累，形成了囊肿，里面含有了深褐色的陈旧血液，类似于巧克力浆，所以称之为巧克力囊肿。
当囊肿大到一定程度的时候会自发的破裂，较大的破裂时多量囊液流出会引起剧烈的疼痛，可能会误诊为盆腔炎，右侧的巧克力囊肿破裂，还可能误诊为阑尾炎。有时候隐隐的小破裂常常会被忽略，但是日积月累会形成盆腔的粘连，盆腔粘连以及异位子宫内膜会引起盆腔的炎性因子活跃，也会影响精卵结合和受精卵着床，常常会引起不孕。
如果是比较大的巧克力囊肿、严重粘连影响输卵管功能、手术以后半年还未怀孕，或者是高龄卵巢储备功能不好，应该积极寻求辅助生殖治疗。
