巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。
这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。巧克力囊肿可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织，由于这种囊肿内潴留的陈旧血瘀如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。
虽然这种病初起只见有小型囊肿，但拖延日久不去重视治疗，或坚持服药，则每次月经来潮前后腹痛剧烈，患者多因异位的子宫内膜组织，在卵巢激素的影响下，发生周期性充血、出血及剥脱等月经样变化，故又称它为“卵巢子宫内膜异位症”
卵巢巧克力囊肿病因：
一、内分泌因素：
该因素是常见的卵巢囊肿的病因，卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要器官，多发生于内分泌旺盛的生育年龄。所以认为与内分泌失调有关。另外，来例假时生气，一生气例假就没了，造成垃圾排不出来，在卵巢里形成了囊肿。
二、分娩、多次流产等：
巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。凡是能影响月经血从阴道流出的，包括阴道闭锁、子宫颈口狭小、子宫后倾、多次人工流产后子宫颈口粘连、月经期性生活等，都能促发生巧克力囊肿。
三、输卵管阻塞：
每月卵巢内没有受精的卵泡成为废品垃圾也要排泄出去，必须靠体内液压把这些垃圾挤出来，由于你机能减退，加上输卵管有堵塞现象，垃圾排不出来，排不出去的卵子堆积在卵巢内，就形成了巧克力囊肿。
